Tutorial Software Avogadro

AVOGADRO

Pada pembahasan kali ini akan membahas mengenai tutorial Avogadro. 

Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan yang bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.

Apa yang dapat dilakukan Avogadro?

• Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
• Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
• Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
• Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
• Embedded interpreter Python.
• Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
• Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
• Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
• Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
• Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
• Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul. (http://urip.wordpress.com/2011/06/11/avogadro-software-kimia-gratis-untuk-edit-molekul/ )

Nah sekarang saya akan memberikan informasi tentang cara menggunakan aplikasi avogadro.

Pertama adalah buka aplikasi avogadro, maka akan muncul tampilan seperti dibawah ini.

Jika Background hitam kurang menarik bagi Anda, Anda bisa mengganti Background tersebut. Caranya adalah View menu → set background color. Pilih warnayang Anda kehendaki

Hasilnya :

Untuk memulai membuat bentuk molekul, cara yang pertama adalah klik tool settings. Maka akan muncul tampilna seperti di bawah ini.

Langkah selanjutnya adalah, pilih ball and stick pada display types. Dan tentukan molekul apa akan Anda gambar. Semisal saya inggin mencoba menggambar C3H8. Maka pada draw Settings, saya memilih atom pusat C, kemudian bond Order adalah single(karena ikatan di C3H8 adalah tunggal), kemudian check pada adjust Hydrogens. Gambar molekul pada lembar kerja.

Sudut yang terbentuk pada gambar diatas belum tepat, maka untuk mengetahui sudut ikatan yang tepat adalah klik pada “Auto Optimization Settings” dan klik Start.

Hasilnya adalah:

Kita bisa memodifikasi gambar yang sudah kita buat dengan menggunakan menu tools settings. Misal untuk memunculkan angka pada setiap atom. Caranya hanya check pada label yang ada di Display types

Gambar di bawah adalah tampilan pada “Van der Waals Spheres”

Sedangkan untuk memunculkan sudut ikatan, caranya adalah klik pada gambar:

Sekian dulu ya. Semoga bermanfaat ... :)

Read More

Tutorial Software Qutemol

Qutemol merupakan salah satu aplikasi kimia yang cukup menarik untuk dipelajari di linux. Aplikasi ini merupakan aplikasi gratis dan open source yang yang cukup menarik dan interaktif dalam menampilkan sistem visualisasi molekular.

Aplikasi  ini menawarkan berbagai efek visual yang inovatif sesuai dengan keinginan serta pilihan dimana teknik visualisasi ini ditujukan untuk meningkatkan kejelasan serta pemahaman pada pengamatan struktur molekul secara luas  sehingga kita akan lebih mudah dalam memahami visual molekul yang akan diamati dalam bentuk 3D dengan bantuan aplikasi ini.

1. Dalam melakukan pengamatan visual pada aplikasi ini terlebih dulu kita harus mencari file .pdb dan .vdb dari molekul yang akan kita amati. Hal ini  dikarena aplikasi qutemol hanya dapat bekerja dengan dua jenis ekstensi file ini (.pdb dan .vdb). sementara langkah-langkah pengguanaan aplikasi ini adalah sebagai berikut :1. Buka aplikasi Qutemol. Pada tampilan awal, aplikasi ini akan memberikan tampilan seperti pada gambar berikut:

2. Klik ikon browse seperti pada gambar dibawah ini untuk memasukkan file dengan format .pdb yang merupakan file molekul yang akan diamati.

3. Pilih file yang akan diamati lalu klik OK. Sebagai contoh pada pembahasan kali ini saya akan mengguna kan file H2O.pdb

4. Untuk melakukan pengamatan, bentuk molekul dapat dipilih dan disesuaikan dengan keinginan untuk memperoleh visual yang benar-benar jelas untuk diamati yakni dengan memilih beberapa opsi pada menu bagian kanan dari jendela aplikasi qutemol.

5. Pada tab preset kita dapat mengatur bentuk molekul yang kita amati sesuai dengan keinginan untuk memperoleh visual yang benar-benar jelas untuk diamati. caranya adalah dengan memilik (klik) menu-menu yang ada pada tab preset, maka bentuk molekul akan berubah-ubah sesuai dengan pilihan. Berikut adalah beberapa contohnya yakni pada pilihan ‘Molecule of the Month‘, ‘Direct Light Only’, dan ‘Simulated S.E.M. 1′ 

 

6. Selanjutnya pada tab Geometry kita akan menemukan beberapa menu untuk merubah tampilan molekul dengan pilihan ‘Space Fill’,’Licorice’, dan ‘Balls’n’Sticks’.

 

7. Pada tab customize kita dapat menyesuaikan bentuk molekiul yang akan diamati dengan lebih spesifik dimana pada tab ini kita dapat mengatur warna molekul, background, saturasi, kecerahan, ketajaman dan pilihan lainnya.

8. Selanjutnya, selain berfungsi sebagai aplikasi visualisasi, aplikasi ini juga dapat untuk mencapture gambar molekul yang diamati, yakni dengan cara klik ikon capture sepererti pada gambar dibawah ini.

9. Pilih lokasi penyimpanan lalu tunggu dan molekul yang kita amati akan tersimpan dalam bentuk file gambar .png

Selamat Mencoba yakkkk =D =D =D

Read More

Kumpulan Link Download

1. Silabus SMA Mapel Kimia
klik disini untuk download Silabus SMA Mapel Kimia

2. Video

klik disini untuk download Pengaruh Konsentrasi Terhadap Laju Reaksi

klik disini untuk download Pengaruh Konsentrasi Terhadap Laju Reaksi

klik disini untuk download Pengaruh Konsentrasi Terhadap Laju Reaksi

klik disini untuk download Pengaruh Konsentrasi Terhadap Laju Reaksi

3. PPT

klik disini untuk download Paket Pembelajaran Laju Reaksi

klik disini untuk download Paket Soal Laju Reaksi

klik disini untuk download VBA Laju Reaksi

4. Animasi Flash

klik disini untuk download Animasi Laju Reaksi 1

klik disini untuk download Animasi  Laju Reaksi 2

klik disini untuk download Animasi Laju Reaksi 3

Read More

Tutorial Software Chemrate

Chemrate merupakan salah satu software untuk menghitung laju reaksi. Dibawah ini akan saya jelaskan sedikit tutorial dari aplikasi ini

1. pertama yang dilakukan adalah buka jendela aplikasi chemrate kemudian klik menu bar Action

2. Kemudian klik new action untuk menginput komponen baru

3. klik new new reaction untuk menginput reaksi baru

4. klik new activation untuk menginput aktivasi baru

5. klik new task untuk menginput soal 

6. setelah menginput beberapa item diatas, untuk mendapatkan hasil perhitungnya klik menubar compute. Pilih Menu perhitungan sesuai kebutuhan

7. untuk menghitung matriks probabilitas tumbukan pilih menubar Tool selanjutnya pilih Probability Collision Matriks

Demikian tutorial yang dapat saya bagaikan hari ini. Selamat mencoba J

Read More

I-Spring

Mengubah File Powerpoint ke Flash Movie (SWF)

ISpring Presenter merupakan salah satu tool yang mengubah file presentasi yang kompatibel dengan Power Point untuk menjadikan bentuk flash. Perangkat lunak Ispring tersedia dalam versi free (gratis) dan pro (berbayar).

Ispring Presenter secara mudah dapat diintegrasikan dalam Microsoft Power Point sehingga Anda tidak membutuhkan keahlian khusus. Beberapa fitur Ispring Presenter adalah:

1. iSpring Presenter bekerja sebagai add-ins PowerPoint, untuk menjadikan file PowerPoint lebih menarik dan interaktif berbasis Flash dan dapat dibuka di hampir setiap komputer atau platform. 
2. Dikembangkan untuk mendukung e-learning. iSpring Presenter dapat menyisipkan berbagai bentuk media, sehingga media pembelajaran yang dihasilkan akan lebih menarik, diantaranya adalah dapat merekam dan sinkronisasi video presenter, menambahkan Flash dan video YouTube, mengimpor atau merekam audio, menambahkan informasi pembuat presentasi dan logo perusahaan, serta membuat navigasi dan desain yang unik (pro).
3. Mudah didistribusikan dalam format flash, yang dapat digunakan dimanapun dan dioptimalkan untuk web.
4. Membuat kuis dengan berbagai jenis pertanyaan/soal yaitu: True/False, Multiple Choice, Multiple response, Type In, Matching, Sequence, numeric, Fill in the Blank, Multiple Choice Text (pro).

Contoh menu Ispring Free

Menggunaan iSpring dalam aplikasi Power Point:

1.     Anda harus menginstall program iSppring, aplikasi ini dapat di download secara gratis dengan kisaran file 24 Mb di http://www.ispringfree.com/download.html.

2.    Buka file presentasi Anda yang telah dibuat di Power Point, jika animasi Anda ingin dijalankan dengan automatis (tanpa menggunakan klik atau enter) maka sebaiknya pada efek animasinya (start) tidak menggunakan on clicktetapi lebih disarankan memakai efek animasi-start : after previous, sehingga presentasi dapat berjalan sendiri tanda di enter atau di klik.

3.   Pastikan bahwa slide animasi yang akan diubah sudah final sesuai keinginan Anda dengan cara jalankan (slide show atau tekan F5).

4.    Jika Anda menggunakan versi 2010, maka pilih iSpring (pada addres bar) lalu klik Publish, maka muncul kotak dialog

• Presentation title = silahkan ganti nama file yang Anda inginkan)
• Slide range = klik All slides untuk di Publish
• Options = jangan beri tanda cecklist.

5.      Lalu klik Publish dan tunggu beberapa saat, maka file Anda sudah jadi Flash dan secara otomatis akan dimainkan di Movie Flash,

6.      Langkah-langkah di atas adalah bagaimana kita mengubah animasi dalam bentuk PowerPoint lalu diubah menjadi Flash Movie (SWF), pada langkah berikut ini, kita akan menampilkan file atau animasi yang telah diubah menjadi Flash Movie (SWF) dari halaman slide PowerPoint.

Read More

Tutorial Software GABEDIT

Gabedit adalah antarmuka pengguna grafis untuk paket kimia komputasi seperti Gamess-AS, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, Orca, PCGamess dan Q-Chem. Hal ini dapat menampilkan berbagai hasil perhitungan termasuk dukungan untuk sebagian besar format file utama molekul. The “Molekul Builder” canggih memungkinkan untuk cepat sketsa dalam molekul dan memeriksa mereka di 3D. Grafik dapat diekspor ke berbagai format, termasuk animasi.

Fitur-fitur utama

·       Gabedit dapat Membuat file input untuk GAMESS (AS), GAUSSIAN, Molcas, MOLPRO, MPQC, OpenMopac, Orca, PCGamess dan Q-Chem.

·  Gabedit grafis dapat menampilkan berbagai Gamess-AS, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, Orca, PCGamess, Q-Chem, (sebagian) ErgoSCF dan (sebagian) ADF hasil perhitungan, termasuk yang berikut

·         Molecular orbital.

·   Permukaan dari kerapatan elektron, potensial elektrostatik, NMR kepadatan perisai, dan properti lainnya.

·     Permukaan dapat ditampilkan dalam mode jala padat, tembus dan kawat. mereka dapat colorcoded oleh properti terpisah.

·         Kontur (colorcoded), Pesawat colorcoded, Dipole. XYZ sumbu dan sumbu utama molekul.

·         Animasi dari mode normal sesuai dengan frekuensi getaran.

·         Animasi rotasi geometri, permukaan, kontur, pesawat colorcoded, xyz dan sumbu utama molekul.

·         Animasi kontur, Animasi pesawat colorcoded.

·         Gabedit dapat menampilkan spektrum UV-Vis, IR dan Raman dihitung.

·   Gabedit dapat menghasilkan file Povray untuk geometri (termasuk ikatan hidrogen), permukaan (termasuk permukaan colorcoded), kontur, pesawat colorcoded.

·         Gabedit dapat menyimpan gambar di BMP, JPEG, PNG, PPM dan format PS.

·      Gabedit otomatis dapat menghasilkan serangkaian gambar untuk animasi (getaran, konvergensi geometri, rotasi, kontur, pesawat colorcoded).

·    Simulated Annealing dengan Dinamika Molekuler diimplementasikan dalam Gabedit (menggunakan Amber 99 parameter molekul mekanik).

UNTUK MENGINSTAL APLIKASI GABEDIT PADA LINUX ADA 2 CARA YAITU

A.     Menggunakan terminal

1.      Ketik cd spasi/etc/apt/

2.      Kemudian sudo gedit sources.list akan muncul pasword: paswod ini adalah pasword linux anda( pasword tidak akan terlihat, maka hati-hati memasukan pasword anda)

3.      Jika anda ingin terhubung dengan repo unnes, ganti http: ……….co.id (yg ada pada masing-masing layar anda) dengan http://repo.unnes.ac.id/repo/(dengan cara mengganti= search kemudian replace)

4.      Lanjutkan dengan mengetik sudo-apt-get-update

5.      Ketik sudo apt insatall gabedit

6.      Lalu tekan tombol enter

B.     Menggunakan synaptic

1.      klik administration

2.      kemudian pilih synaptic packed manager

3.      pilih science( untuk aplikasi tentang science)

4.      ketikkan kata “gabedit” pada kotak search

5.      klik kanan kotak yang masih berwarna putih (mark for installation)

6.      klik apply

Read More

Tutorial Software GAMGI

GAMGI adalah sebuah perangkat lunak open source untuk penciptaan dan analisis struktur atom.GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface) adalah sebuah program untuk membangun, melihat, dan menganalisis strucures atom seperti molekul, kristal, gelas, cairan, dll Ini bertujuan untukmenjadi berguna untuk: masyarakat ilmiah bekerja di Pemodelan atomistik yang membutuhkan grafis antarmuka untuk membangun input data dan untuk melihat dan menganalisis data output, dihitung dengan Ab initio-dan Molekuler Mekanika program, komunitas ilmiah di bidang kimia belajar yang besar, fisika, ilmu material, geologi, dll, yang membutuhkan antarmuka grafis untuk melihat dan menganalisis atom struktur informasi dan untuk mempersiapkan gambar untuk presentasi di kelas dan seminar, mengajar kimia dan fisika di sekolah menengah dan perguruan tinggi, ilmu promosi di sekolah-sekolah, pameran dan museum ilmu pengetahuan.

Cara menggunakan GAMGI

1. Buka aplikasi GAMGI, maka akan muncul layar seperti gambar dibawah ini

2. Didalam aplikasi ini juga terdapat terotorial didalam menu help.

disana ada banyak terotorial.

Cara Intsall aplikasi

1.sudo apt-get update

sudo apt-get install gamgi

2.Membuka Ubuntu Software → Scince & Engineering → Chemistry → gamgi

sumber :

http://www.gamgi.org/

Selamat mencoba :)

Read More