Qutemol merupakan salah satu aplikasi kimia yang cukup menarik
untuk dipelajari di linux. Aplikasi ini merupakan aplikasi gratis dan open
source yang yang
cukup menarik dan interaktif dalam menampilkan sistem visualisasi molekular.
Aplikasi
ini menawarkan berbagai efek visual yang inovatif sesuai dengan keinginan serta
pilihan dimana teknik visualisasi ini ditujukan untuk meningkatkan kejelasan
serta pemahaman pada pengamatan struktur molekul secara luas sehingga
kita akan lebih mudah dalam memahami visual molekul yang akan diamati dalam
bentuk 3D dengan bantuan aplikasi ini.
1. Dalam
melakukan pengamatan visual pada aplikasi ini terlebih dulu kita harus mencari
file .pdb dan .vdb dari molekul yang akan kita amati. Hal ini dikarena
aplikasi qutemol hanya dapat bekerja dengan dua jenis ekstensi file ini (.pdb
dan .vdb). sementara langkah-langkah pengguanaan aplikasi ini adalah sebagai
berikut :1. Buka aplikasi Qutemol. Pada tampilan awal, aplikasi ini akan
memberikan tampilan seperti pada gambar berikut:
2. Klik ikon browse seperti pada gambar dibawah ini untuk memasukkan
file dengan format .pdb yang merupakan file molekul yang akan diamati.
3. Pilih file
yang akan diamati lalu klik OK. Sebagai contoh pada pembahasan kali ini saya
akan mengguna kan file H2O.pdb
4. Untuk melakukan pengamatan, bentuk molekul dapat dipilih dan
disesuaikan dengan keinginan untuk memperoleh visual yang benar-benar jelas
untuk diamati yakni dengan memilih beberapa opsi pada menu bagian kanan dari
jendela aplikasi qutemol.
5. Pada tab preset kita dapat mengatur bentuk molekul yang kita amati
sesuai dengan keinginan untuk memperoleh visual yang benar-benar jelas untuk
diamati. caranya adalah dengan memilik (klik) menu-menu yang ada pada tab
preset, maka bentuk molekul akan berubah-ubah sesuai dengan pilihan. Berikut adalah
beberapa contohnya yakni pada pilihan ‘Molecule
of the Month‘, ‘Direct Light Only’, dan ‘Simulated S.E.M. 1′
6. Selanjutnya
pada tab Geometry kita akan menemukan beberapa menu untuk merubah tampilan
molekul dengan pilihan ‘Space Fill’,’Licorice’, dan ‘Balls’n’Sticks’.
7. Pada tab
customize kita dapat menyesuaikan bentuk molekiul yang akan diamati dengan
lebih spesifik dimana pada tab ini kita dapat mengatur warna molekul,
background, saturasi, kecerahan, ketajaman dan pilihan lainnya.
8. Selanjutnya, selain berfungsi sebagai aplikasi visualisasi, aplikasi
ini juga dapat untuk mencapture gambar molekul yang diamati, yakni dengan cara
klik ikon capture sepererti pada gambar dibawah ini.
9.
Pilih lokasi penyimpanan lalu tunggu dan molekul yang kita amati akan tersimpan
dalam bentuk file gambar .png
Selamat Mencoba yakkkk :)
0 komentar:
Posting Komentar